En los dos primeros episodios se resumen los hechos de la serie original de 13 episodios y los siguientes desarrollan nuevas tramas. Los Caballeros Protestantes Reales deben enfrentarse al grupo separatista nazi, Millennium, dirigido por el Mayor. Es una organización que está dispuesta a todo con tal de vengarse de Hellsing, quienes los derrotaron en la Segunda Guerra Mundial. También tiene como objetivo central de existencia llevar la guerra a todos los rincones del mundo. Aparecen personajes que no fueron considerados dentro de la serie de televisión y que son propios del manga, como Rip Van Winkle, Zorin Blitz, El Capitán, Schrödinger y el Mayor. En esta ocasión, se muestra una fuerte exhibición de los Neonazis a diferencia de la serie, es más explícita y de un caracter sombrío. Millenium también se conoce como «Letzte Bataillon».
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